De afwatering in dit stroomgebied vindt op een natuurlijke wijze plaats via watergangen en beken die uitmonden in Ermelo-Putten, zoals de Volenbeek. De Schuitenbeek is recentelijk afgeleid naar het Eemmeer. Regen, oppervlaktewater en grondwater zijn in een stroomgebied onlosmakelijk met elkaar verbonden. Ingrepen in het grondwater hebben vaak effect op het oppervlakte water en omgekeerd. Zo heeft bijvoorbeeld het natter maken van een deel van het gebied, om verdroging tegen te gaan, effect op andere delen van het gebied. Of het verleggen van een lozing zorgt ter plekke voor een betere waterkwaliteit, maar kan elders een verslechtering betekenen. Door het stroomgebied als één geheel te bekijken, zijn knelpunten beter op te lossen. Door peilbeheer, onderhoud en inrichting onderling af te stemmen, werkt het waterschap bovendien efficiënt. Het bespaart tijd en geld.
Het stroomgebied Ermelo-Putten kent een grote verwevenheid van landbouw en natuur. Met name in en langs de Veldbeek en Schuitenbeek betreft een groot aantal maatregelen verbreding en een robuuste inrichting van wateren, gericht op de verschillende functies en de stapeling van waterdoelen: beekherstel, verminderen wateroverlast voor de landbouw, goede waterkwaliteit en ecologie, verdrogingbestrijding, In de rest van het landelijk gebied, afwaterend op Wolderwijd-Nuldernauw , zijn de – doorgaans kleinschalige - maatregelen in hoofdzaak gericht op de landbouwfunctie. In de stedelijke gebieden van Harderwijk, Ermelo en Putten zijn de nodige maatregelen voorzien, bijvoorbeeld baggeren, om in 2015 het watersysteem kwantitatief en kwalitatief op orde te hebben. Vanuit de optimalisatie van het afvalwatersysteem zijn maatregelen in het verzorgingsgebied van de rwzi Harderwijk voorzien. Ook op de rwzi Harderwijk zelf worden maatregelen getroffen, zoals een 4e trapszuivering, om de belasting van de Randmeren verder te beperken.
