De afwatering in dit overwegend sterk hellende stroomgebied vindt op natuurlijke wijze plaats. Het stroomgebied van de Hierdense Beek vormt door een kleilaag in de ondergrond een afzonderlijke hydrologische eenheid. Regen, oppervlakte water en grondwater zijn in een stroomgebied onlosmakelijk met elkaar verbonden. Ingrepen in het grondwater hebben vaak effect op het oppervlakte water en omgekeerd. Zo heeft bijvoorbeeld het natter maken van een deel van het gebied, om verdroging tegen te gaan, effect op andere delen van het gebied. Of het verleggen van een lozing zorgt ter plekke voor een betere waterkwaliteit, maar kan elders een verslechtering betekenen. Door het stroomgebied als één geheel te bekijken, zijn knelpunten beter op te lossen. Door peilbeheer, onderhoud en inrichting onderling af te stemmen, werkt het waterschap bovendien efficiënt. Het bespaart tijd en geld.
Het stroomgebied Harderwijk-Nunspeet kent een grote verwevenheid van landbouw en natuur. Met name in en langs de Hierdense Beek, waarvan het stroomgebied diep insnijdt in het Veluwemassief, betreft een groot aantal maatregelen verbreding en een robuuste inrichting van de beek, gericht op de verschillende functies en de stapeling van waterdoelen: beekherstel, verminderen wateroverlast voor de landbouw, goede waterkwaliteit en ecologie, verdrogingbestrijding, Tussen Harderwijk en Elburg wateren door overwegend agrarisch gebied tientallen kleinere beken en sloten af richting Veluwemeer. Maatregelen in dit gebied zijn in hoofdzaak gericht op de landbouwfunctie en/of op de aanwezige natuurfunctie. In de stedelijke gebieden van met name Nunspeet en Elburg zijn de nodige maatregelen voorzien, bijvoorbeeld baggeren, om in 2015 het watersysteem kwantitatief en kwalitatief op orde te hebben. In het verzorgingsgebied van de rwzi Elburg wordt samen met de gemeenten een optimalisatiestudie van het afvalwatersysteem uitgevoerd; de hieruit voortvloeiende maatregelen worden uitgevoerd.
